當然任何改革其實都有一個原則，那就是老人老辦法，新人新辦法。就像現在國有企業，全部取消了編制，改用控制工資總額的方式進行管理，其實對職工的影響也不是那么大。縣級以上的醫院規模大，專業性、技術性比較強，取消編制實行聘用制管理以后，有利于醫院吸引人才，促進人才的合理有序流動。
但在編制沒有取消之前，三級醫院的編制內人員和聘用人員的區別還是比較大的。主要的區別有這么幾個方面：
一是身份不同。編制內的醫護人員屬于國家公職人員，體制內人員，是國家干部，端的是鐵飯碗。聘用人員屬于合同制職工，屬于體制外的人員，合同期滿可以續聘，也可以終止聘用合同，端的是泥飯碗。
二是五險一金的繳費方式不同。編制內人員和聘用人員都要繳納五險一金。編制內人員繳納的是機關事業單位養老保險，還要繳納職業年金；聘用人員繳納的是企業職工基本養老保險，不能繳納職業年金。高端的聘用人員可以繳納企業年金，但需要在聘用合同中約定。
三是工資福利待遇不同。編制內人員，基本工資、薪級工資是按照國家規定執行，績效工資是按照醫院的規定執行，工資的正常增長機制是比較完善的；聘用人員是按照聘用合同約定的工資方式執行，有的聘用人員的工資可能會高于編制內人員，但多數聘用人員的工資會低于編制內人員。
四是退休待遇不同。編制內人員是按照機關事業單位養老保險辦理退休，特別是視同繳費指數的計算辦法和企業職工不一樣；退休后不但有基本養老金，還有職業年金，有的還要享受退休后的生活補貼；編制外人員是按照企業職工基本養老保險的規定辦理退休，沒有職業年金，退休后也無法享受單位的生活補貼待遇。
綜上所述，在三級醫院工作，同樣是醫院的職工，但編制內人員享受的各項待遇要普遍高于編制外人員。編制外人員中除了高端的醫務人員以外，各項待遇都會低于編制內人員。但以后隨著三級醫院編制的取消，所有人都實行聘用人員，一個單位兩種制度的情形才會得到根本改變。
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